Эмир Кустурица женат. Его жену зовут Майей. Супруги являются основателями и совладельцами кинокомпании «Rasta Films», которая занималась производством всех фильмов Эмира Кустурицы, начиная с «Историй на супер-8», а также лент других режиссёров. У Эмира и Майи двое детей — сын Стрибор и дочь Дуня. Стрибор Кустурица является ударником в «The No Smoking Orchestra»; он также снялся как актёр в фильмах своего отца «Жизнь как чудо» и «Завет», а в последнем выступил ещё и в качестве композитора. На фото: 2008 год. Эмир Кустурица (в центре) с женой Майей перед выступлением в ресторане Maison Baccarat.